Το MedISys ακολουθεί τις πιο ευρέως διαδεδομένες κωδικοποιήσεις και πρότυπα οργάνωσης πληροφορίας, ώστε να διευκολύνει την εξαγωγή υψηλής ποιότητας και εγκυρότητας στατιστικών στοιχείων και να μειώνει το κόστος και το χρόνο έναρξης λειτουργίας του συστήματος. Πρότυπα ακολουθούνται στην οργάνωση της πληροφορίας του ιατρικού φακέλου (GEHR), στην κωδικοποίηση των ασθενειών (ICD-10, DSM-IV-TR), στην κωδικοποίηση των φαρμάκων (ΕΟΦ, ATC), στην κωδικοποίηση των παρακλινικών εξετάσεων (ΦΕΚ), στην κωδικοποίηση των επαγγελμάτων (ΕΣΥΕ), στην κωδικοποίηση των νομών, πόλεων και δήμων της χώρας (Υπουργείο Εσωτερικών, ΕΣΥΕ), στην κωδικοποίηση των χωρών (ΕΛΟΤ), κλπ.

Το λογισμικό υποστηρίζει για όλα τα μητρώα έναν κωδικό που εκφράζει τη μοναδικότητα της κάθε εγγραφής και έναν μνημονικό κωδικό με βάση τον οποίο οι χρήστες έχουν δυνατότητα να αναγνωρίσουν την εγγραφή. Οι μνημονικοί κωδικοί αποτελούν αλφαριθμητικά πεδία, ώστε να μπορούν να εκφράζονται είτε με αριθμητικούς χαρακτήρες είτε ως σύντομη περιγραφή της οντότητας.