Το σύνολο του συστήματος είναι προσαρμοσμένο στις ιδιαιτερότητες και το θεσμικό πλαίσιο λειτουργίας των ελληνικών νοσοκομείων. Υποστηρίζεται πλήρως το ΠΔ146/2003, που καθορίζει την λειτουργία των λογιστηρίων και της κοστολόγησης των Μονάδων Υγείας, ενώ παρέχει δυνατότητα συν-λειτουργίας δημόσιου λογιστικού συστήματος και γενικής – αναλυτικής λογιστικής, ώστε να εξασφαλίσει ομαλή μετάβαση του προσωπικού στο νέο σύστημα.

Το MedISys καλύπτει τις ιδιαιτερότητες λειτουργίας του νοσοκομειακού φαρμακείου εντάσσοντας με ιδανικό τρόπο τις διαδικασίες του ατομικού συνταγολογίου στο ενιαίο σύστημα διαχείρισης αποθεμάτων και στις διαδικασίες συνταγογράφησης φαρμάκων από το ιατρικό προσωπικό. Επίσης, υποστηρίζονται πλήρως οι διαδικασίες μηχανογραφικής υποβολής και ταμειακής παρακολούθησης των απαιτήσεων προς τα ασφαλιστικά ταμεία με κάλυψη των ιδιαιτεροτήτων του ΙΚΑ, του Δημοσίου, του ΟΓΑ, του ΟΑΕΕ, κλπ. Το MedISys καλύπτει μέσω μίας εύχρηστης παραμετροποίησης οποιαδήποτε σύμβαση - συμφωνία με ασφαλιστικούς φορείς, ώστε να εξασφαλίσει τη γρήγορη έκδοση και εκκαθάριση των λογαριασμών των ασθενών.