Το MedISys διαθέτει πλούσιο υποσύστημα αναφορών για την εξαγωγή στατιστικών δεικτών λειτουργίας, κόστους και απόδοσης του οργανισμών, που είναι απαραίτητοι στη διοίκηση για την λήψη στρατηγικών αποφάσεων (decision support).

Το υποσύστημα αναφορών υποστηρίζει τη δημιουργία ad-hoc αναφορών ή τη διαμόρφωση αναφορών, οι οποίες αποθηκεύονται στο σύστημα, ώστε να είναι δυνατή η χρήση τους σε οποιαδήποτε στιγμή από απλούς χρήστες.